パタゴニア直営店では、各ストアの地域や設備および各都道府県の状況を注意深く観察しながら、お客さん、近隣の方々、販売スタッフの安全と健康を守ることを優先し営業している。
2021年1月28日より新型コロナウイルス感染拡大加速を受け、すべての国内直営店での来店を事前予約制と開始した。
パタゴニア来店の事前予約は各ストアページの専用フォームより申込みが可能となっている。
なお、ストアはストアは臨時休業や営業時間の変更となることがあるため、最新の営業状況については、各ストアのInstagramにて確認をおすすめする。